Comment 2 for bug 178708

問題が再現できることは確認できました。

notecaseについては、環境変数LANGの設定値を無視して勝手に書き換えるのが問題なんだと思います(GuiLanguage.cppのInitialize)。LANGを確認して、存在すればそれを使うという振る舞いになるよう、上流に要望した方がいいんじゃないでしょうか。

/etc/locale.aliasについては歴史的経緯を知らないので、どうすればいいのかはよくわかりません。とりあえず、指針によるとja/japaneseは非推奨なので現状維持にして、このロケールを使っているソフトウェアについては、ソフトウェア側で改善してもらうよう働きかけるの方がいいと思います。

ja_JPはja_JP.UTF-8 ("locale"するとja_JP.UTF-8が、"locale -a"するとja_JP.utf8が出るのですが、どっちが正しいのでしょう？)にリンクさせるよう/etc/locale.aliasを変更したいが問題ないだろうか、ということをubuntu-jpのMLに流してみてはどうでしょう。それで問題ないとの回答が得られたら、このファイルを提供しているlangpack-localesパッケージに修正依頼を出すことになります。