Comment 3 for bug 1338235

Через некоторое время снова отваливается, так что "setxkbmap -layout us,ru" помогает не надолго.

Проблема, как оказалось, известная. Это gnome-settings-daemon своевольничает.
$ dconf write /org/gnome/settings-daemon/plugins/keyboard/active false - отключает своевольничание, но тогда совсем ломается переключение раскладок... Решение - использовать директиву AddBind RotateLayout самого xneur.