Comment 2 for bug 217210

Option "XkbVariant" "latin,"

でアンダースコアが入らないのは、

/usr/share/X11/xkb/symbols/jp

に latin の定義が含まれなくなったのが原因のようです。
試しに、添付ファイルのように latin の定義を加えたところ、アンダースコアも入力できるようになりました。

私の環境では、「Error activating XKB configuration.」のエラーメッセージは表示されなかったのですが、
このファイルに差し替えてもエラーが表示されるか確認してもらえますか？