Comment 6 for bug 651390

У меня в своё время, что хуже наверное, в случае обратной проблемы всё проходило тихо: каталог не заменял симлинк, а его содержимое распаковвывалось туда, куда указывает симлинк.

Вообще, симлинки vs каталоги -- известные и переодически всплывающие грабли. Вот, например, для полноты картины, ещё интересный случай:

http://lists.altlinux.org/pipermail/devel/2008-December/164768.html