Compilation of MPI C/C++ codes fails with mpich

[Christophe]

 A few days ago, I have upgraded several machines from Ubuntu 20.10 to 21.04. Since then, I cannot compile anymore the C++ code that I am working on. The compilation (actually linking) with mpic++ fails with the following message

/usr/bin/ld: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(lib_libmpich_la-ch3_init.o): undefined reference to symbol 'pthread_mutexattr_init@@GLIBC_2.2.5'
/usr/bin/ld : /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 : erreur lors de l'ajout de symboles : DSO missing from command line
collect2: error: ld returned 1 exit status

I tried to add -pthread -lpthread. I now get the message

/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(ad_iwrite.o) : dans la fonction « ADIOI_GEN_aio_wait_fn » :
(.text+0x137) : référence indéfinie vers « aio_suspend »
/usr/bin/ld : (.text+0x191) : référence indéfinie vers « aio_error »
/usr/bin/ld : (.text+0x1a4) : référence indéfinie vers « aio_return »
/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(ad_iwrite.o) : dans la fonction « ADIOI_GEN_aio_poll_fn » :
(.text+0x32a) : référence indéfinie vers « aio_error »
/usr/bin/ld : (.text+0x345) : référence indéfinie vers « aio_return »
/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(ad_iwrite.o) : dans la fonction « ADIOI_GEN_aio » :
(.text+0x471) : référence indéfinie vers « aio_write »
/usr/bin/ld : (.text+0x501) : référence indéfinie vers « aio_read »
collect2: error: ld returned 1 exit status

Note that my code still compiles on other machines with older Ubuntu distribution.

The problem can be reproduced with the much simpler MPI example (taken from https://mpitutorial.com/tutorials/mpi-hello-world/)

#include <mpi.h>
#include <stdio.h>

int main(int argc, char** argv) {
    // Initialize the MPI environment
    MPI_Init(NULL, NULL);

    // Get the number of processes
    int world_size;
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);

    // Get the rank of the process
    int world_rank;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);

    // Get the name of the processor
    char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
    int name_len;
    MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);

    // Print off a hello world message
    printf("Hello world from processor %s, rank %d out of %d processors\n",
           processor_name, world_rank, world_size);

    // Finalize the MPI environment.
    MPI_Finalize();
}

The compilation with the command mpicc test.c returns the error message

/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(lib_libmpich_la-init_async.o) : dans la fonction « MPIR_Finalize_async_thread » :
(.text+0x4d2) : référence indéfinie vers « pthread_join »
/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(lib_libmpich_la-ch3_init.o) : dans la fonction « split_type » :
(.text+0x159) : référence indéfinie vers « pthread_mutexattr_init »
/usr/bin/ld : (.text+0x166) : référence indéfinie vers « pthread_mutexattr_setpshared »
/usr/bin/ld : (.text+0x170) : référence indéfinie vers « pthread_mutexattr_destroy »
/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(lib_libmpich_la-ch3_init.o) : dans la fonction « MPIDI_CH3I_Shm_supported » :
(.text+0x243) : référence indéfinie vers « pthread_mutexattr_init »
/usr/bin/ld : (.text+0x250) : référence indéfinie vers « pthread_mutexattr_setpshared »
/usr/bin/ld : (.text+0x25a) : référence indéfinie vers « pthread_mutexattr_destroy »
/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(lib_libmpich_la-ch3_win_fns.o) : dans la fonction « MPIDI_CH3I_Win_allocate_shm » :
(.text+0x13a9) : référence indéfinie vers « pthread_mutexattr_init »
/usr/bin/ld : (.text+0x13ca) : référence indéfinie vers « pthread_mutexattr_setpshared »
/usr/bin/ld : (.text+0x1408) : référence indéfinie vers « pthread_mutexattr_destroy »
/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(mpl_thread_posix.o) : dans la fonction « MPL_thread_create » :
(.text+0x70) : référence indéfinie vers « pthread_create »
/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(ad_iwrite.o) : dans la fonction « ADIOI_GEN_aio_wait_fn » :
(.text+0x137) : référence indéfinie vers « aio_suspend »
/usr/bin/ld : (.text+0x191) : référence indéfinie vers « aio_error »
/usr/bin/ld : (.text+0x1a4) : référence indéfinie vers « aio_return »
/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(ad_iwrite.o) : dans la fonction « ADIOI_GEN_aio_poll_fn » :
(.text+0x32a) : référence indéfinie vers « aio_error »
/usr/bin/ld : (.text+0x345) : référence indéfinie vers « aio_return »
/usr/bin/ld : /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libmpich.a(ad_iwrite.o) : dans la fonction « ADIOI_GEN_aio » :
(.text+0x471) : référence indéfinie vers « aio_write »
/usr/bin/ld : (.text+0x501) : référence indéfinie vers « aio_read »

My system is up-to-date:
lsb_release -rd
Description: Ubuntu 21.04
Release: 21.04

dpkg -l "*mpich*"
Souhait=inconnU/Installé/suppRimé/Purgé/H=à garder
| État=Non/Installé/fichier-Config/dépaqUeté/échec-conFig/H=semi-installé/W=attend-traitement-déclenchements
|/ Err?=(aucune)/besoin Réinstallation (État,Err: majuscule=mauvais)
||/ Nom Version Architecture Description
+++-==================-=============-============-============================================================
ii libmpich-dev:amd64 3.4.1-3build1 amd64 Development files for MPICH
ii libmpich12:amd64 3.4.1-3build1 amd64 Shared libraries for MPICH
ii mpich 3.4.1-3build1 amd64 Implementation of the MPI Message Passing Interface standard

apt-cache policy mpich
mpich:
  Installé : 3.4.1-3build1
  Candidat : 3.4.1-3build1
 Table de version :
 *** 3.4.1-3build1 500
        500 http://fr.archive.ubuntu.com/ubuntu hirsute/universe amd64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status

ProblemType: Bug
DistroRelease: Ubuntu 21.04
Package: mpich 3.4.1-3build1
ProcVersionSignature: Ubuntu 5.11.0-17.18-generic 5.11.12
Uname: Linux 5.11.0-17-generic x86_64
ApportVersion: 2.20.11-0ubuntu65
Architecture: amd64
CasperMD5CheckResult: unknown
CurrentDesktop: LXQt
Date: Wed May 19 20:51:59 2021
InstallationDate: Installed on 2019-01-20 (849 days ago)
InstallationMedia: Ubuntu 18.04.1 LTS "Bionic Beaver" - Release amd64 (20180725)
SourcePackage: mpich
UpgradeStatus: Upgraded to hirsute on 2021-05-13 (6 days ago)

[Christophe (chatelai)]

Solution: reinstall mpich !